Der Startschuss für das Projekt war eine Baubegehung am 23.11.2004 zur Weiterentwicklung des 1995 eröffneten Naturschutzinformationszentrums in der ehemaligen Düngemittelhalle gegenüber des alten Anwesens. Da die provisorisch geschaffene Einrichtung Baumängel aufzeigte und zudem eine Erweiterung und Modernisierung der Ausstattung nötig gewesen wäre wurde als Alternative eine neue Naturschutzausstellung im Nordflügel diskutiert.
Nach einer ausführlichen Bestandsaufnahme lag im Februar 2006 ein Nutzungskonzept der Forst- und Naturschutzverwaltung vor. Zudem wurde vom Landesamt für Denkmalpflege eine Machbarkeitsstudie zur denkmalgerechten Sanierung des Nordflügels beauftragt. Beides wurde am 04.04.2006 im Fachministerium vorgestellt und verabschiedet. Ein Umweltbildungszentrum mit ganzheitlichem Ansatz sollte nun im Nordflügel des Hofguts entstehen, das allen Beteiligten Mitwirkung und Mitgestaltung ermöglichen sollte. Bald darauf wurde deutlich, dass das Projekt ohne finanzielle Unterstützung nicht realisierbar ist. Daraufhin versichterte der Bürgermeister von Stockstadt am 12.03.2008 die Gebäudeinstandsetzung zu übernehmen, sofern die Finanzierung gesichert sei.
1. Konstituierende Sitzung zum Projekt Hofgut Gunterhausen
Auf Einladung des Fachministeriums fand am 09.10.2009 die konstituierende 1. Sitzung der Kooperation zum Projekt Hofgut Gunterhausen statt. Mit dem Nutzungs- und Überlassungsvertrag zwischen Hessen-Forst und Stockstadt sowie der Übertragung des Projektgrundstücks wurde die Basis für die Projektträgerschafft bei der denkmalgerechten Gebäudesanierung des Nordflügels geschaffen. Nach Abschluss der Kooperationsvereinbarung am 20.01.2010 konnte das entsprechend ausgewählte Architekturbüro mit dem Projekt beauftragt werden. Der Start der Baumaßnahme erfolgte am 23.07.2010 mit dem obligatorischen "Spartenstich" durch die damalige Ministerin für Umwelt, Klimaschutz, Landwirtschaft und Verbraucherschutz Frau Lautenschläger. Parallel dazu befasste sich der Landesbetrieb Hessen-Forst mit der Innenausgestaltung des Umweltbildungszentrums.
Zur 4. Sitzung der Steuerungsgruppe am 01.03.2011 wurde das Grobkonzept der Ausstellungsplaner verabschiedet und die Erarbeitung der Feinkonzeption beschlossen. Um den ersten Ausstellungsabschnitt (Dauerausstellung "Mitten im Fluss") überhaupt finanzieren zu können wurde daraufhin zielgerecht bei großen Stiftungen und Fördermittelgebern nach Möglichkeiten der finanziellen Unterstützung nachgefragt und für das Projekt geworben. Als die benötigten finanziellen Mittel zur Verfügung standen wurden die entsprechenden Baumaßnahmen der äußeren Gebäudehülle durchgeführt. Mit der Fertigstellung konnte die damalige Ministerin Frau Puttrich am 22.01.2013 den Beginn der Innenausbauen und der technischen Infrastruktur verkünden.
Das Jahr 2013 stellte sich unter anderem mit zahlreichen Baustellenabstimmungen, Planungsgesprächen und Ausstellungsplaner als äußerst arbeitsreich dar, wonach auch die Baukosten immens stiegen.
Auf der 9. Sitzung der Steuerungsgruppe am 04.02.2014 konnte nach umfangreichen Abstimmungen eine Nutzungs- und Betriebsvereinbarung durch die Projektträger unterzeichnet werden. Die Umweltbildungsaufgaben wurden auf den Landesbetrieb Hessen-Forst übertragen, der für das Regierungspräsidium Darmstadt in bewährter Form die Verwaltung vor Ort übernimmt.
Feierliche Schlüsselübergabe an Hessen-Forst
Nachdem die Fertigstellung der Gebäudesanierung mit den ersten beiden Bauabschnitten bis Ende März 2014 abgeschlossen wurde, die feierliche Schlüsselübergabe an Hessen-Forst durch die Ministerin am 10.04.2014 sowie der Tag der offenen Tür zwei Tage später stattfanden steht bis Mitte 2015 der dritte und somit letzte Bauabschnitt der Gebäudesanierung im Obergeschoss an. Als Ziel für Fertigstellung des gesamten Nordflügels war Mitte bis Ende 2016 geplant. Im selben Zeitraum sollte auch die Gestaltung des Außenbereichs mit dem Hofinneren und den Stationen des Lehrpfads durchgeführt werden.
2017 konnten dann, etwas verspätet, die beiden zusätzlichen Dauerausstellungen "Geschichte im Fluss" und "Speicherwelten" der Öffentlichkeit übergeben werden. Davor waren im Umfeld des Hofgutes die alte Düngehalle und die Landarbeiterhäuser abgerissen worden. Gleichzeitig wurde das Hofinnere und der rückwärtige Bereich des Umweltbildungszentrums restauriert und gestaltet. Ebenso wurde das ehemalig Forsthaus als Dienstwohnung des Landesbetriebs HessenForst saniert und das Cafè Kühkopf im Hofgut eröffnet. Die Schau- und Lehrimkerei auf der Nordseite des Umweltbildungszentrums ist seit 2016 in Betrieb.
Einweihung des Außenlehrpfades
2018 erfolgt die Einweihung des Hofgut nahen Außenlehrpfades "Draußen im Fluss", die Anbindung des Pfades an das UBZ und der Abschluss der Arbeiten im Hofgutumfeld. Bereits 2017 wurde mit der Sanierung des alten Schafstalls begonnen, der im Laufe der nächsten Jahre zu einer Hofgut-Gastronomie ertüchtigt werden soll.