Anlässlich der flechtenkundlichen Untersuchungen im Herbst 2009 wurden im Schutzgebiet „Kühkopf-Knoblochsaue“ 173 Arten festgestellt (darunter sind 15 Arten flechtenbewohnende Pilze und 5 flechtenähnliche Pilze). Hierbei ist zu berücksichtigen, dass im Bereich des FFH- und Naturschutzgebietes „Kühkopf- Knoblochsaue“ – einschließlich des Naturwaldreservates „Karlswörth“ – insgesamt 40 Probekreise à 0,125 ha, also lediglich 5 ha Fläche detailliert und standardisiert erfasst wurden. Darüber hinaus erfolgten auch noch einige Zufallsbeobachtungen, die ebenfalls Eingang in die Gesamtartenliste fanden. Es ist zwar davon auszugehen, dass durch die gezielte Auswahl von für Flechten relevanten Biotoptypen ein repräsentativer Ausschnitt dokumentiert wurde, doch sind mit Sicherheit nicht sämtliche im Gebiet vorkommenden Flechtenarten erfasst worden. Die große Zahl der insgesamt festgestellten Arten in Verbindung mit dem hohen Anteil an seltenen und gefährdeten Flechtenarten belegt die unter naturschutzfachlichen Gesichtspunkten sehr hohe Bedeutung des FFH- und Naturschutzgebietes „Kühkopf-Knoblochsaue“ für Flechten.
Maßgeblich verantwortlich hierfür sind folgende wertbestimmenden Faktoren:
- hohe Substratdiversität
- große Gehölzartenvielfalt (vielfältige Borkeneigenschaften)
- große Zahl alter Bäume (insbesondere Eichen)
- verschiedene Alterklassen der Baumarten
- zahlreiche Bäume mit basenreicher Rinde bzw. Borke (v.a. Esche, Ulme)
- vergleichsweise hohe Luftfeuchte innerhalb der Waldbestände
Von den 174 festgestellten Taxa sind insgesamt 68 Arten (39 %) in der Roten Liste der Flechten Deutschlands (WIRTH et al. 1996) verzeichnet; 59 Arten (33 %) davon gelten nach der hessischen Roten Liste der Flechten (SCHÖLLER 1996, teilweise aktualisiert in CEZANNE, EICHLER & THÜS 2002) ebenfalls als mehr oder minder stark gefährdet. 13 Arten genießen einen gesetzlichen Schutz als besonders geschützte Arten nach der BUNDESARTENSCHUTZVERORDNUNG (2005). Siehe hierzu auch die nebenstehende Gesamtartenliste.